Als die Paulinermönche im Jahre 1663 nach Olimje kamen, fing auch hier die systematische Untersuchung der Heilpflanzen an. Ihre Vorschriften verlangten in jedem Kloster ein Krankenzimmer (Infirmaria) und eine Apotheke mit Medikamenten für Brüder einzurichten. Ein Mönch übernahm die Rolle des Krankenpflegers und musste sich um die kranken Brüder kümmern. Einige Mönche haben sich vollkommen der Heilkunst verschrieben. Sie haben die Heilpflanzen angebaut, gesammelt und in die Arzneimittel verarbeitet. Eine Skizze des Klosters aus dem Jahr 1681 zeigt zwei Gärten, von denen wahrscheinlich einer für die Heilpflanzen und der andere für das Gemüse genutzt worden waren. Der spätere Prior von Olimje Eggerer hat in seiner Arbeit „die himmlische Pharmazeutin" (Pharmacopoea coelestis) schön erklärt, dass bei Krankheiten die Gebete den Vorrang vor der Kunst der Ärzte haben.
Trotzdem haben die Paulinermönche die Errungenschaften des medizinischen Wissens hoch respektiert und errichteten im Erdgeschoss des linken Südturms einen Raum, den wir heute „Die alte Apotheke" nennen. Der genaue Zeitpunkt der Entstehung ist aus den historischen Dokumenten leider nicht ersichtlich. Wir können nur vermuten, dass mit der Gründung des Klosters im Jahre 1663 auch die Bedingungen für die Entstehung der alten Apotheke gegeben worden waren.
Den runden Kuppelraum der alten Apotheke bemalte 1780 Anton Lerchinger mit sagenhaft schönen Fresken, die allesamt heilkundig und biblisch motiviert sind, einen großen künstlerischen Wert darstellen und uns den Weg zur Gesundheit und zum Glück übermitteln.
Nach der Fertigstellung war die Freude der Pauliner sehr kurz. Schon nach zwei Jahren hat Kaiser Josef II. im Rahmen der Säkularisation in damaligen österreichischen Ländern mehr als 700 Klöster aufgelöst, darunter war 1782 auch das Kloster von Olimje. Die Ordensleute fanden die Unterkunft in verschiedenen Klöstern Kroatiens. Der Raum der alten Apotheke diente später bis zum Jahr 1950 als Vorratsraum für Feldprodukte. Die Feuchtigkeit und die Zeit haben den Fresken stark zugesetzt aber die geschickten Hände der Restauratoren haben wieder alles, was dem Untergang zugeschrieben war, gerettet.
Wir Minoriten haben die berühmten Heilkräuter Tradition wieder belebt. Nach dem Vorbild unseren Gründers, den hl. Franziskus von Assisi, der die Aussätzige (Lepra-Kranke) pflegte, möchten auch wir durch die Zubereitung der Naturheilmitteln und Gebet unseren Beitrag für mehr seelische und körperliche Gesundheit leisten. Unser Kräutergarten befindet sich vor dem Klostereingang. Neben dem Garten sind ein Wanderweg und Pflanzenrabatte mit etwa zwei hundert Heilpflanzen zu finden. Alle sind auf kleinen Täfelchen mit slowenischen und botanischen Namen sehr übersichtlich gekennzeichnet. Auch die Angaben über die verwendeten Pflanzenteile und der Heilwirkung bei diversen Krankheiten sind genau beschrieben.
